هزيمة الصليبيين على يد صلاح الدين الأيوبي

قام صلاح الدين الأيوبي سنة ١١٨٧م بهزيمة الصليبيين في معركة حطّين قرب طبريّا، وهكذا وقعت أورشليم في أيدي المسلمين مرّة أخرى، وكانت نهايتهم وخروجهم من الأراضي المقدسة نهائياً بعد أن هزموا في عكّا سنة ١٢٩١م . حافظ صلاح الدين الأيوبي على عهدة عمر بن الخطاب، وقام بإعادة كل المزارات الشريفة التي اغتصبها الصليبيون إلى أيدي اليونان الروم  ، ولكن بعضاً من قادته  الفاتحين أعطوا بعض هذه المزارات إلى الأقباط والأحباش . وفي بداية القرن الرابع عشر كان موقف المماليك من بطريركيّة الروم قد تغيّر، فدخلت هذه العلاقة المتدهورة بفترة إضطهادات طويلة ضدّ المسيحيين، حتى أنه في عهد البطريرك يواكيم سنة ١٣٣٤م كادت كنيسة القيامة أن تُحوّل إلى جامع إسلامي، وفي السنة نفسها ظهر الفرنسيسكان في أورشليم الذين سكنوا جبل صهيون وفي الوقت نفسه كان المماليك يدعمون وجود الأرمن واليعاقبة . وكان حينها يتوافد إلى أورشليم الكثير من الرهبان الصرب والجيورجيين الأرثوذكس الذين دعموا وجود وحضور أخويّة القبر المقدس وأعطي لهم، من قبل الرهبان اليونان، دير الصليب المقدس، وللصرب دير الملائكة التابع لدير القديس سابا . 

لقد شكّل سقوط القسطنطينية في أيدي الأتراك سنة ١٤٥٣م فجوة كبيرة في الحماية السياسية للبطريركية، مما أدى إلى دخولها في حقبة إضطهادات جديدة . لهذا قام البطريرك أثناسيوس الرابع بالذهاب إلى القسطنطينية وقدّم طاعته للسلطان محمد الفاتح سنة ١٤٥٨م، وبهذا نجح بالحصول على أمرٍ سلطاني منه، وهكذا أبعد الخطر والدمار عن المزارات الشريفة وتأكدت حقوق الأرثوذكسيين وسلطتهم على المزارات الشريفة . ومن بعده، قام البطريرك غريغوريوس الثالث ١٤٦٨ ­- ١٤٩٣م بعمل الشيء نفسه ونجح بالحصول على فرامان جديد من السلطان محمد الفاتح في الوقت الذي عانى الإكليروس اليوناني من فقر شديد . ولكن نتيجة توجههم هذا نحو محمد الفاتح أدى الى تدهور علاقاتهم مع المماليك، وطبعاً مع اللاتين.