المكتبة البطريركية تحتوي على مجموعات من المخطوطات والمطبوعات، التي قد أُنقذت من السلب والدمار.  المكتبة الحالية التابعة للبطريركية أُنشات  في سنوات الحكم العربي، في البداية لم تكن  قسماً بطريركياً منظماً انما كمجمعٍ لكتبٍ تحتوي على نصوصٍ دينيةٍ ونصوص مقدسة من أخوية القبر المقدس ومن أديرة مقدسة اخرى  مثل نصوص كتابية  للقديس سابا. تمت محاولات عديدة من أجل إعادة تجميع مكتبة البطريركيه وتزويدها بالمواد من قِبل البطاركه المثقفين، مثل البطريرك نيكتاريوس والبطريرك ذوسيثيوس، ولا ننسى ايضاً محاولات اخرى من بطاركة آخرين  مثل تلك للبطريرك نيكوذيموس كيريلوس.

 
لقد نشر دارس المكتوبات والمخطوطات القديمة اثاناسيوس باباذوبوس كيراميس عام ١٨٩١ لائحةً ذاكراً فيها المخطوطات المُجمعة التي تتواجد اليوم في مكتبة البطريركيه، وهي عباره عن ثلاثة مجموعاتٍ كبيرةٍ من المخطوطات: ٦٤٥ مخطوطة للبطريركية، ٧٠٦ لدير القديس سابا و ١٤٧ لديرالصليب الكريم.  وتحتوي  المكتبة ايضاً على مجموعات من المخطوطات الاصغر حجما، فحوى هذه المخطوطات يعالج مواضيع دينية من العهد القديم والجديد ومن القداديس الالهية. هنالك ايضا مخطوطات أدبية، وقانونية ومخطوطات تختص بعلم الرياضيات. تتنوع هذه المخطوطات من ناحية اللغه فمنها مكتوبة  باللغه العربية، اليونانية,  سلافية وآرمية.

 
بفضل الترميم الكلي الذي حصل في مكتبة البطريركية الحالية وبفضل المواد الموجودة فيها والمُوزعة بطرق حديثة, تعتبر هذة المكتبة مكاناً قديراً الذي بقداستة واشعاعه يجذب الزائر القارئ للاشتراك ودراسة  الاثباتات والدلائل التي تشير الى الديانه المسيحيه.