ان التقلبات التاريخية الكثيرة, اغلبها درامية, التي مرت فيها فلسطين والاماكن المقدسة قد ادت الى تغيي مستمر  في وضع الحج وملكية كنيسة القيامة المجيدة, رغم انه منذ بداية اكتشاف هذا المكان المقدس, كانت الكنيسة في ايدي الروم الارثوذكس, الا ان الحملات الصليبية والاوضاع الجديدة التي سادت منذ ذلك الحين في المنطقة قد ادت الى ظهور مطالب ملكية من جانب طوائف مسيحية اخرى, هكذا فان تدخل السلطة العلمانية من جهة وظهور بعض العوامل والدوافع الاقصادية من جهه اخرى , قد ادى الى تغيير وضع الملكية القديم الذي يتعلق بالكنيسة.

كما ورد في مصادر من القرن الرابع عشر, نجد حقوق الملكية التالية, الكنيسة الرئيسية “الكاثوليكون” اي كنيسة نصف الدنيا مملوكة للروم الارثوذكس, عمود جلد ومكان ظهور السيد المسيح لمريم المجدلية مملوكة للاتين, كنيسة ادم ومكان الموعوظين مملوكة الارمن, الجلجثة, حبس المسيح وكنيسة العثور على الصليب المقدس مملوكة الجورجيين, المذبح خارج الكنيسة مملوك للنسطوريين, الكنيسة الصغيرة التي تقع خلف القبر المقدس, مملوكة للسريان اليعاقبة, المكان المقابل لها  مملوك للاحباش.

انتزع اللاتين في اواخر القرن الخامس عشر حد الجزءين التي تتكون منهما الجلجثة, بينما في عام 1517, قام السلطان سليم الاول الذي استولى على فلسطين, سوريا ومصر, بعد انتصاره على المماليك بالاعتراف رسميا بالسيادة الكاملة للارثوذكس على كنيسة القيامة.

في عام 1520 قام خليفته, السلطان سليمان العظيم, باعطاء مفاتيح الكنيسة التي كانت حتى ذلك الحين بايدي الروم الارثوذكس الى عائلتيين مسلمة, الذين يقومون حتى هذا اليوم بالحفاظ على مفاتيح الباب المقدس وبالتالي بفتح وباغلاق الكنيسة.

وهكذا وفقا لهذه الاحداث والاتفاقُات نستطيع ان نرى سيادة بطريركية الروم الارثوذكسية على كنيسة القيامة المقدسة بشكل عام وعلى القبر المقدس بشكل خاص, بالاضافة الى المزارات المقدسة في باقي انحاء البلاد, وهكذا على هذا الاساس يقع في مجال اختصاص البطريركية الروحي, الاداري والرعوي كل من كنيسة القيامة المقدسة, الجلجثة, القبر المقدس, مصلى ادم, مصلى اكليل الشوك, مصلى لونجينوس قائد المائه, مصلى الاغلال (الكلبشات) ومصلى حبس السيد المسيح. كنيسة قبر السيد العذراء في الجسمانية, كنيسة الجليل الصغير في جبل الزيتون, كنيسة القديس ستيفانوس ومنزل والدة السيدة العذراء مريم.

كما وتمتلك بطريركتنا ايضا كنيسة المهد الكنيسة التي بنيت في المكان الذي ولد فيه سيدنا وربنا يسوع المسيح, كنيسة كهف الرعاة, بئر يعقوب في نابلس, كنيسة البشارة بجانب عين العذراء في الناصرة, مزار معجزة قانا الجليل, كنيسة تجلي السيد المسيح المخلص فوق جبل الطور, كنيسة القديسين الرسل في كفرناحوم, دير طبريا, كنيسة النبي اليشع في اريحا, حيث توجد شجرة الجميز التي تسلقها زكريا لكي يستطيع رؤية السيد المسيح, كما وتمل بطريركتنا اديرة عريقة في اورشليم وخارجها منها دير القديس سابا البار, دير القديس جوارجيوس الخوتزيفي, دير جبل الاربعين قرنطل, دير بيت عنيا, دير القديس جيراسيموس الاردني, دير القديس ثيوذوسيوس, دير الصليب المكرم, دير القديس سمعان القابل للمسيح الذي يطلق ايضا عليه اسم القاطمون.