لقد أظهر الصليبيون غيظهم وحقدهم تجاه المسلمين المنهزمين في أورشليم خلافاً عن المعاملة التي أظهرها عمر بن الخطاب عند دخوله أورشليم تجاه الروم المنهزمين آنذاك، فسكروا بخمر النصر وقاموا بمذابح شنيعة . ولكن الكنيسة ألاورشليمية  الأرثوذكسيّة أيضاً عانت كثيراً من هؤلاء الصليبيين، فقد نفوا بطاركتها  الى القسطنطينية مدّة ٨٨ عاماً . وبالنسبة للصليبيين كان رئيس دير القديس سابا يعتبر ممثلاً للبطريركية في أورشليم، وذلك بعد أن أخذ الإذن منهم . تميّزت سيطرة الكنيسة اللاتينيّة على الإكليروس الأرثوذكسي بالتعسفيّة والعنف، لهذا وقعت كلّ المزارات تحت سيطرة اللاتين، فكانوا يجلبون الكهنة من الغرب للقيام بأعمال الخدمة، أما رهبان أخويّة القبر المقدس فحافظوا على حقوقهم بتدبير أمور موضع  وجود الصليب المقدس وإقامة القداس الإلهي باللغة اليونانيّة في القبر المقدس وبيت لحم . وحافظوا أيضاً على أديرة كثيرة خارج أورشليم، أما داخلها فحافظوا على الدير التابع لدير القديس سابا الواقع بقرب قصر النبي داوود والذي كان مركزاً لهم، وأيضاً على دير العذراء الكبير . 
أراد الصليبيون كسب الأرمن واليعاقبة الى صفّهم فلم يدخلوا في مواجهة معهم ولم يمسوا أي من أديرتهم أو كنائسهم، بل قاموا بإعطائهم كنائس وأديرة أخرى، ومن أهم الأحداث في هذه الفترة كان بناء كنائس ومزارات أرثوذكسية من قبل الإمبراطور الرومي ميخائيل كومنينوس ١١٤٣­ – ١١٨٠م  . وقام الصليبيون بإعادة شكل كنيسة القيامة الى ما كانت عليه قبل سنة ٦١٤م، حيث وحّدوا الكنائس الأربعة التي أسسها القديس موذستوس، وهي  :القيامة، والجلجلة، وإنزال الجسد المقدس عن الصليب، ومكان إيجاد  الصليب ، معطين بذلك الشكل الموحّد لكنيسة القيامة الذي ما زال قائماً الى يومنا هذا .